Jan Paweł II od 1992 cierpiał na postępującą chorobę Parkinsona. Mimo licznych spekulacji i sugestii ustąpienia z funkcji, które nasilały się w mediach zwłaszcza podczas kolejnych pobytów papieża w szpitalu, pełnił ją aż do śmierci. W lipcu 1992 przeszedł operację w celu usunięcia guza nowotworowego na jelicie grubym. Jego długoletnie zmagania z chorobą i ze starością były osobistym przykładem głoszonych na ten temat poglądów, w których podkreślał godność ludzkiego cierpienia i odnosił je do męki Chrystusa. 13 maja 1992 papież, w 11. rocznicę zamachu, ustanowił Światowy Dzień Chorego. Nagłe pogorszenie stanu zdrowia papieża rozpoczęło się 1 lutego 2005. Przez ostatnie dwa miesiące życia Jan Paweł II wiele dni spędził w szpitalu i nie udzielał się publicznie. Przeszedł grypę oraz zabieg tracheotomii, wykonany z powodu niewydolności oddechowej. W czwartek 31 marca tuż po godzinie 11, gdy Jan Paweł II udał się do swej prywatnej kaplicy, wystąpiły u niego silne dreszcze oraz wzrost temperatury ciała. Był to początek wstrząsu septycznego połączonego z zapaścią sercowo-naczyniową. Czynnikiem wywołującym była infekcja dróg moczowych w osłabionym chorobą Parkinsona i niewydolnością oddechową organizmie. Uszanowano wolę papieża, który chciał pozostać w domu. 2 kwietnia, w dniu śmierci, o godzinie 7:30 rano, papież zaczął tracić przytomność, a późnym porankiem przyjął jeszcze watykańskiego sekretarza stanu kardynała Angela Sodano. Później tego samego dnia doszło do gwałtownego wzrostu temperatury. Około godziny 15:30 bardzo słabym głosem papież powiedział: Pozwólcie mi iść do domu Ojca. O godzinie 19 wszedł w stan śpiączki, a monitor wykazał postępujący zanik funkcji życiowych. Osobisty lekarz papieski Renato Buzzonetti stwierdził śmierć papieża Jana Pawła II o godzinie 21:37 czasu miejscowego, a elektrokardiograf wyłączono po 20 minutach od tej chwili. Zmarł po zakończeniu Apelu Jasnogórskiego, w pierwszą sobotę miesiąca i wigilię Święta Miłosierdzia Bożego, w 9666. dniu swojego pontyfikatu. Informację o śmierci papieża podał na placu świętego Piotra abp Leonardo Sandri, mówiąc: Najdrożsi bracia i siostry, o godz. 21.37 nasz ukochany Ojciec Święty powrócił do Domu Ojca. Módlmy się za niego. W ciągu ostatnich dwóch dni życia nieustannie towarzyszyli mu wierni z całego świata, śledząc na bieżąco wiadomości dochodzące z Watykanu oraz trwając na modlitwie w jego intencji.
Uroczystość pogrzebowa papieża Jana Pawła 2
Grobowiec papieża w podziemiach pod Bazyliką Św. Piotra w Watykanie